«Моби-С» сложный программный продукт, операция перехода на новую версию представляет из себя не тривиальную задачу. Для безопасного обновления программы мы рекомендуем предпринять следующие шаги.

1. Установка и тестирование обновления вашим IT специалистом на копии текущей базы данных 1C.
2. Запуск новой версии на текущей базе для нескольких торговых агентов(1-3 человека). Таким образом одновременно будет работать и старая и новая версия Моби-С и в случае если что то пойдет не так вы можете быстро переключить этих агентов на старую версию.
3. После успешного тестирования новой версии на нескольких агентах вы можете перевести остальных агентов на новую версию и процесс обновления будет завершен.

Подробная инструкция по обновлению Моби-С есть в справочной системе  Для разработчиков ->Обновление.

Для того что бы на одном компьютере использовать две разные версии «Моби-С» нужно просто запустить внешние обработки этих версий, главное не забыть что бы им были присвоены различные порты. Возможно еще придется разнести библиотеки PocketServer.dll по разным папкам и пописать во внешнем отчете к ним новый путь. Про порты читайте топик Что такое порт и где его изменить?